VIH : détection, découvertes à l’aide de la bio-informatique

Tribune – À l’occasion de la Journée Mondiale de la lutte contre le SIDA, Mano Joseph Mathiew, responsable de la majeure bio-numérique à l’Efrei, revient sur l’importance du numérique dans la recherche et la lutte contre le VIH.

Chaque année, le 1er décembre, nous commémorons la Journée Mondiale de la lutte contre le Sida et nous réfléchissons à notre réponse mondiale à l’épidémie du VIH/Sida. Quarante ans après la découverte du virus VIH-1 par les scientifiques de l’Institut Pasteur (découverte reconnue par Françoise Barré-Sinoussi, professeur à l’Institut Pasteur, prix Nobel de médecine 2008), le Sida reste un fléau inacceptable. En effet, l’épidémie de VIH est toujours en cours. Le Sida est désormais l’une des principales causes de décès dans le monde chez les adolescents et les femmes en âge de procréer. Le nombre de nouvelles infections a augmenté en Europe de l’Est et on compte environ 6 000 nouveaux cas en France chaque année*. Elle touche particulièrement les pays et les populations les plus pauvres : 37 millions de personnes vivent avec le VIH/Sida dans le monde. Il existe encore un écart entre le moment de la contamination et le diagnostic de l’infection par le VIH (le délai médian en France est de 3 ans).  Les antirétroviraux permettent aujourd’hui de bien contrôler la maladie mais pas de la guérir.

L’utilisation d’outils informatiques et d’approches bio-informatiques dans la prédiction de l’utilisation des corécepteurs du VIH-1 a pris de l’importance dans la compréhension de la pathogenèse et de la maladie du VIH-1, dans le développement d’outils de diagnostic et dans l’amélioration de l’efficacité des stratégies thérapeutiques visant à bloquer l’entrée du virus. Les stratégies actuelles ont permis d’améliorer la sensibilité, la spécificité et la reproductibilité de la prédiction de l’utilisation des corécepteurs. Cependant, ces technologies doivent être améliorées afin de permettre une utilisation efficace et précise de tous les sous-types de VIH-1. Cela nous donne la possibilité de poursuivre des études et de développer des techniques informatiques pour aider efficacement à la détection et au diagnostic du VIH.

Exemple : Les ensembles de données multisites à grande échelle offrent la possibilité d’explorer les avantages des interventions biomédicales pour la santé publique. L’harmonisation des données est une nouvelle stratégie visant à accroître la comparabilité des données de recherche recueillies dans le cadre d’études indépendantes, ce qui permet d’aborder les questions de recherche au-delà de la capacité de toute étude individuelle. Le National Institute on Drug Abuse (NIDA) a mis en œuvre cette stratégie pour collecter et harmoniser de manière prospective les données d’études indépendantes qui développent et testent de manière empirique des interventions visant à fournir efficacement un continuum de soins en matière de VIH à diverses populations de toxicomanes.

Cet effort de collecte et d’harmonisation des données, connu sous le nom de Seek, Test, Treat, and Retain Data Collection and Harmonization Initiative, a servi de modèle applicable à d’autres projets de recherche.

Le test de résistance du VIH aux médicaments basé sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) est l’une des nombreuses façons dont la bio-informatique joue un rôle pour automatiser la conversion des données brutes de NGS en un rapport clinique exploitable. Les outils bio-informatiques offrent la puissance, la vitesse et la précision nécessaire pour stimuler la découverte et éclairer les efforts visant à produire des traitements et des vaccins efficaces.

Les bio-informaticiens du monde entier développent et adaptent de puissants outils informatiques pour étudier les génomes et les protéines du VIH, afin de lutter contre l’épidémie.

Le partage des données avec les scientifiques, les professionnels de la santé et les conseillers en santé publique nous aidera à combattre le VIH et les épidémies futures.

*Figure from the The French Institute for Public Health Surveillance.

https://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/2021-global-aids-update_en.pdf

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4638253